Estuve investigando y creo que no se puede. Sigo este blog como mirón, sin inscribirme, hay información muy valiosa. Pregunto para salir de dudas: ¿Se puede exportar un índice de nombres a ePub desde InDesign? Tengo un libro con 500 nombres indexados y necesito saber si se puede.
De todas formas te dejo este enlace donde se explica muy bien cómo resolverlo. Básicamente es exportarlo como documento HTML y luego con búsquedas GREP hacerlos hiperenlaces.