Hola,
Por lo que dices ya has comprobado que no se está usando, ni siquiera en una imagen o pdf vinculado.
He leído un par de soluciones, al parecer es un bug bastante usual. Prueba ambas y me dices:
Solución 1.
Crea un archivo AI con el maldito pantone.
Colócalo en InDesign
Bórralo
Y ahora intenta borrar el pantone
Solución 2.
Abre el panel Ventana > Salida > Previsualización de separaciones.
Navega por el documento hasta encontrar dónde está, editas y borras.
Saludos