Hola,
La conversión de ID a XHTML es muy mala, casi cualquier software permite exportar o guardar como HTML pero no es una conversión automática con resultado profesional.
El comando de limpiar HTML de word no es la solución, hay que saber maquetación web, manejarse con CSS, si quieren algo profesional hay que hacerlo desde cero, si quieren algo «para colgar» igual que lo impreso que cuelguen el PDF.
Saludos