Hola Jose,
Efectivamente la conversión a XHTML no está muy conseguida desde ID. Para editar el CSS del epub simplemente cambia la extensión a .zip y dentro de la carpeta OEBPS encontrarás el archivo template.css, lo editas y haces el proceso inverso.
Gracias a ti y a Mateo por proponer el tema, es un tema importante e interesante.
Saludos