Efectivamente casi todos son compatibles con pdf aunque hay un formato más específico .epub
Afortunadamente ya que eres un experto en InDesign puedes guardar como .epub desde ID sin mayor problema. Se pretende que EPUB basado en XHTML sea el estándar de los e-books ya que no tendría un formato cerrado a diferencia del PDF.
Para leer los EPUB podéis descargar Stanza (Windows, MAC, iPhone y iPod) http://www.lexcycle.com/
+ info: International Digital Publishing Forum (IDPF) http://www.idpf.org/
Saludos