Hola Maxi,
Mira que eres vago 
Lo has automatizado lo máximo que puedes, hay un script que puedes utilizar para mover todos los marcos de texto, líneas según su grosor y objetos con texto en trazado directamente a una capa:
http://www.adobe.com/cfusion/exchange/index.cfm?event=extensionDetail&loc=en_us&extid=1697030
Pero entre las opciones no está la de colores. Depende de la estructura de tu archivo y capas podrías «combinar las capas» y luego separarlas con este script.