Hola de nuevo Jose,
Te cuento algunas pistas que igual ya has probado para ir descartando:
Al elegir otro documento de ID que esté abierto lo que le dices al generar el pdf es que ese hipervínculo abra el pdf que tenga el mismo nombre del indd y que esté guardado en la misma ubicación.
Si has creado los 2 pdf y guardado con el mismo nombre y en la misma ubicación no debería haber problema.
Cuéntame.