Disculpa, ahora he comprendido lo que necesitas. De todas formas te comento que para meter todas las páginas de un PDF no necesitas más que mostrar las opciones de importación.
Contestando, ahora bien (lo siento de nuevo) a tu duda, no puedes hacer un Flash transparente con ele efecto Flip, lo único que se me ocurres es que pongas ese fondo en el mismo ID para que quede incluido en el SWF y haces que ocupe el 100%.
Otra opción es no utilizar el caduco formato SWF sobre todo si es para web, usa HTML5 o crea un PDF cuyo contenido sea un SWF que tenga el efecto flip.
Saludos