Hola,
He estado viendo archivos que tenía con botones y al final la solución es más simple. Cuando creas un botón en ID o en Acrobat te pone la ruta absoluta pero si mueves esos archivos por ejemplo a otro directorio, USB o DVD va a encontrarlo en la ruta relativa.
Concluyendo, coge tus archivos, enlázalos con rutas absolutas y muévelos de sitio. Funciona 100% comprobado.
Saludos