Hola osvaldo,
Con InDesign puedes exportar a formato EPUB que no es más que HTML y CSS, en otras herramientas como Sigil puedes depurar algunas cosas de la exportación.
En este curso y otros que tenemos se explica en profundidad http://ceslava.com/blog/prueba-gratis-los-mas-de-700-cursos-de-diseno-de-video2brain/
Saludos