Hola,
El epub es un formato contenedor de un HTML y CSS, el estilo y la maquetación que hayas recogido en ID no va a respetarse al 100%, no es como exportar a un PDF.
La versión 5.5 incluyó mejoras en la exportación a ePub, de todas formas si quieres retocar ese ePub exportado te recomiendo Sigil http://code.google.com/p/sigil/
Y unos cuantos recursos y tutoriales que aunque tienen un tiempo te pueden servir:
Saludos