Hola aba,
Crea una página al lado izquierdo de la portada, es decir, que el documento empiece con un pliego. En esa página pones un rectángulo gris y solucionado.
El swf tiene un tamaño fijo, no cambia cuando pases páginas, de ahí que te salga ese espacio aunque no exista en ID.
Saludos
