Hola Tanchi,
Depende del encargo lógicamente, de los detalles y de la necesidad de personalización.
Como bien dices existen opciones de partida, CMS gratuitos a los que generalmente te será fácil cambiarle el diseño si conoces HTML y CSS.
Un ejemplo sería eCart : http://www.ecartcommerce.com/
El famoso http://oscommerce.com/ y muchos más. Hasta con WordPress puedes montar una tienda virtual.
Saludos