Hola,
Discúlpame a mi por asumir que trabajas con Windows, en mac la ruta debe ser:
Users[usuario]LibraryPreferences y luego igual… AdobeInDesignVersion 6.0es_ESFind-Change QueriesGREP
No se almacenan en la misma carpeta donde se instala.
Mira este pdf, está muy completo y tiene las rutas para mac, para XP y para Vista:
http://www.indesignusergroup.com/chapters/washingtondc/files/729/21_presets-Mike_Witherell.pdf
Saludos