Hola,
Creo que hay conceptos mezclados en tu pregunta. Todos los elementos tienen un orden de apilamiento natural, z-index lo utilizamos para cambiar ese orden.
Lo que sí tenemos que saber es que sólo funcionará la propiedad z-index si hemos posicionado el elemento. Es decir, necesitamos decirle position: (relative, absolute o fixed).
En resumen, si sólo usas position: absolute no quiere decir que no tengan un orden, lo que no puedes es hacer lo contrario, utilizar z-index sin definir position.
Sobre los bugs es cierto que hay algunos pero no me preocuparía de IE6.
Saludos