Hola Jose,
La solución es un script seguro pero no tengo tiempo de mirarlo con detenimiento, he encontrado alguna cosa, prueba y me cuentas:
Esto es lo más cercano, un script
http://www.tech-archive.net/Archive/Word/microsoft.public.word.vba.general/2008-04/msg00141.html
Luego está este plugin para las Notas pero creo q no te servirá para lo que tú dices, te puedes descargar una demo y verlo con detenimiento:
http://virginiasystems.com/products_d.html#sbifnote
Footnotes2endnotes: script gratuito del exchange:
http://www.adobe.com/cfusion/exchange/index.cfm?event=extensionDetail&extid=1345518
Dynamic endnotes (CS4 and later)
http://www.kahrel.plus.com/indesign/sidenotes.html
Este script hace lo que se cuenta en http://blogs.adobe.com/indesigndocs/2009/03/endnotes_in_indesign_cs4.html
Imported (static) endnotes to dynamic endnotes:
http://www.kahrel.plus.com/indesign/dynamic_endnotes.html
No sé si en alguno encontrarás la solución, déjame tu respuesta y si no logras hacerlo intentamos crear un script.
Saludos