Hola Jose,
Si no fueran abreviaturas y por tanto no terminaran en un punto podrías utilizar las reglas de Autocorrección, y si te digo lo de Buscar/Cambiar ya no vuelves a visitarme por obvio.
La respuesta es sí, se pueden crear scripts en InDesign pero para esto no hace falta crearlo, tan solo editar las opciones de uno gratuito que viene con la instalación.
Como explicarlo es un poco extenso mejor te lo dejo en este post:
Buscar y Cambiar por Lotes en Adobe InDesign CS4 | FindChangeByList Script
Saludos