De nuevo creo que hay un enlace que puede ayudarte:
http://foro.ceslava.com/topic/exportacion-a-epub
Efectivamente no es perfecta, el CSS se toca si quieres con el bloc de notas o con Dreamweaver, luego simplemente vuelves a cambiar la extensión.
A la última sí, siempre y cuando el e-reader soporte este formato.
Gracias a ti