Hola Ronda,
No he trabajado nunca con Sigil, ni con Calibre, sólo he trabajado con el formato epub desde InDesign y luego modificando yo mismo el css y el xhtml.
No sé qué software es el mejor, en este artículo hablé de varios pero no tengo la experiencia de haber trabajado con todos ellos para valorarlos:
http://ceslava.com/blog/todo-sobre-el-epub-el-mp3-de-los-e-books/
En cualquier caso el epub puedes editarlo desde un editor web o con un simple editor de txt si manejas HTML y CSS.
Saludos