Hola Miguel,
Si está con estilos tendrás etiquetado esos textos con estilos CSS del mismo nombre, es decir si a una palabra le has aplicado el estilo de carácter: «negrita» en el XHTML debe estar <span class=»negrita»>palabra</span> y en el CSS la clase negrita .negrita {font-weight:bold;}
Pero parece que no aplica bien esta propiedad CSS y la deja como «normal».
Puedes comprobarlo abriendo el archivo epub por ejemplo con 7-zip, WInRAR o WinZIp y ver el código XHTML y el CSS.
Para las cursivas debes cambiar fon-style a italic. Gracias al CSS tardarás dos segundos en hacerlo. De todas formas te aviso si encuentro a qué se debe este error.
Saludos