Me uno a esta dicotomía y aunque el sistema es mucho más organizado y por tanto aconsejable, hay casos en que como te ha pasado Jose es mejor tener las dos versiones del trabajo o directamente ser un valiente como Mateo (q también experto) y tirar de un solo archivo.
Por si no me he explicado: yo trabajaría con libro, sólo si tengo algún problema lo convierto en 1 solo indd
Saludos