Para resetear todas la configuración por defecto de ID puedes hacer esto al ejecutar la aplicación:
Ctrl + Alt + Shift (Windows) o Cmd + Ctrl + Opt + Shift (Mac),
O bien puedes borrar los archivos
InDesign SavedData
InDesign Defaults
donde se han guardado de forma que cuando vuelvas a abrirlo aparezca como nuevo.
Esos archivos están ubicados:
Mac OS
InDesign SavedData Users/[user]/Library/Caches/Adobe InDesign/Version [version]/InDesign SavedData
InDesign Defaults Users/[user]/Library/Preferences/Adobe InDesign/Version [version]/InDesign Defaults
Windows XP
InDesign SavedData Documents and Settings[username]Local SettingsApplication DataAdobeInDesignVersion [version]Caches
InDesign Defaults Documents and Settings[username]Application DataAdobeInDesignVersion [version]
Windows Vista or Windows 7
InDesign SavedData Users[username]AppDataRoamingAdobeInDesignVersion [version]CachesInDesign SavedData
InDesign Defaults C:Users[username]AppDataRoamingAdobeInDesignVersion [version]InDesign Defaults