Hola,
Pensemos en un .epub, en un ebook como en una web, y pensemos que la exportación de InDesign tiene más de un bug. Es decir, si la maquetación es algo más complicada que la de un libro seguramente el resultado sea un desastre que tienes que volver a maquetar modificando XHTML y CSS.
Te lo digo sin haber visto el archivo pero creo que la duda más común es que pensamos en el EPUB como un PDF que va a mantener el formato y eso pocas veces ocurre.
Saludos